環境保護部(原國家環保總局)于1999年9月開始，在我國部分主要流域開展了地表水水質自動監測站的試點工作，并分別在松花江、淮河、長江、黃河及太湖流域的重點斷面建設了10個水質自動監測站。在試點的基礎上，從2000年9月份開始，經過“十五”、“十一五”十年的努力，陸續在松花江、遼河、海河、黃河、淮河、長江、珠江、太湖、巢湖、滇池流域等十大流域的重點斷面以及浙閩河流、西南諸河、內陸諸河、大型湖庫以及國界出入境河流上建成了149個水質自動監測站。初步形成了覆蓋我國主要水體的水質自動監測網絡。